حدد الحيلة (2004) السلبيات المصاحبة التي قد تنتج عن تطبيق التعليم الإلكتروني كالتالي:
1- الأمية التقنية في المجتمع، وهذا يتطلب جهداً مكثفاً وتأهيل المعلمين والطلبة بشكل خاص استعداداً لهذه التجربة.
2- تلاشي وإضعاف دور المعلم كمؤشر تربوي وتعليمي مهم لا يمكن الاستغناء عنه في إعداد الأجيال.
3- ارتباط المعلم بعوامل تقنية أخرى، مثل: كفاءة شبكات الاتصال، وتوافر الأجهزة والبرامج ومدى القدرة على تصميم وإنتاج المحتوى التعليمي بشكل متميز.
4- إضعاف مؤسسة المدرسة كنظام اجتماعي يؤدي دوراً مهماً في التنشئة الاجتماعية.
5- كثرة توظيف التقنية في المنزل وفي الحياة اليومية، قد يؤدي إلى ملل المتعلم من هذه الوسائط وعدم الجدية في التعامل معها.
6- العمر الزمني القصير لتطبيقات التعليم الإلكتروني، علاوة على نشأة كثير من هذه الأساليب التعليمية والتعلمية على أيدي الشركات التجارية وهي غير مؤهلة علمياً وثقافياً لمثل هذه المهمة.
إلى جانب وجود مجموعة من الأخطاء والسلبيات والتي ترتبط بتطبيق التعليم الإلكتروني كالتالي:
1- الاعتقاد بأن التعليم الإلكتروني بديل رخيص، أي ذو تكلفة أقل.2-المبالغة فيما يمكن إنجازه بواسطة التعليم الإلكتروني.
3- الإخفاق في التعامل في مرحلة ما بعد إعداد المقررات.
4- التعامل مع المقررات كسلعة.
5- تجاهل التطور في التقنية.
6- الفشل في إنشاء قسم تقنية المعلومات يكون في وضع تنظيمي أفضل.
7- الاعتماد كثيراً على التقنية.
8-افتراض أن المعرفة المكتسبة سوف تطبق مباشرة.
يتضمن التعليم الإلكتروني , كعنصر للتعليم المرن, على تطبيق وسائل الإعلام الإلكترونية في تقديم البرامج التعليمية والتدريبية المهنية المرنة . وقد يشمل استخدام الشبكات أو الأقراص المضغوطة أو مصادر التعليم القائم على الحاسب في الفصول الدراسية أو أماكن العمل أو المنزل وأيضا الدخول على المقررات الدراسية عبر شبكة الانترنت كحلقات النقاش وتقييم الأنشطة على الانترنت . 
